Uygulamada vergi daireleri bir kısım serbest meslek erbabının giderlerinin hasılatlarına göre yüksek olduğu iddiası ile; %20 serbest meslek stopajından iadeleri yapmadığı gözlemlenmektedir. Örneğin; mali müşavir veya muhasebecilerde her yıl tevkifat iadelerinin alınması sırasında birçok problem ile karşılaşıldığı görülmektedir.
 
Örneğin; bir mali müşavirin giderinin yüksek olduğu iddiası ile iadesi yapılmayıp bir kısım giderlerinin yüksek olduğu eleştirilmektedir. Bazı vergi daireleri giderlerin hasılatın %75 ‘ini geçmemesi gerektiğini önermektedir. Neticede, reel genel giderlerin, yüksekliği eleştirilerek %20 tevkifat iadeleri yapılmamaktadır.
 
Özellikle yeni işe başlayan serbest meslek erbabında (doktor, mühendis, avukat, mimar, mali müşavir, serbest muhasebeci) genel giderlerin yüksekliği normaldir. Özellikle makine alımı, bilgisayar alımı, demirbaş alımı, buzdolabı ve klima gibi giderlerin yüksekliği ilk yıllarda doğal olarak artabilmektedir. Öte yandan hasılatların ilk yıllarda yüksek olamayacağı da bir gerçektir. Böyle bir tablo karşısında giderlerin hali ile hasılattan daha yüksek çıkması son derece normaldir.
 
Mali müşavir ve serbest muhasebecilerin vergisel denetimi, yaptıkları sözleşmeler üzerinden, gönderdikleri e-beyan üzerinden, aldıkları vekaletnameler üzerinden tespiti yapılabilir. Avukatlar açısından ise vergi denetimi daha çok takip edilen dava dosyaları, UYAP kayıtları, alınan vekaletnameler, takip edilen mahkeme duruşmaları, avukatın banka hesabına yatırılan paralar, vs. göstergeler üzerinden serbest meslek kazancının tespiti yapılabilir. Aynı çalışmalar, mimar, mühendis ve doktorlar için yapılabilmektedir. Doktorların vergi incelemeleri sırasında MEDULA sisteminden istifade edilebilmektedir.
 
Sonuç olarak, serbest meslek erbabının kazanç defterinde gider fazlalıklarının gerekçeleri araştırılmalıdır. Hasılatın belli bir oranına kadar gider gösterilip, gösterilmeyeceği yönünde bir mukayese nispeti mevcut vergi mevzuatımızın içerisinde bulunmamaktadır.
 
 Serbest meslek kazancının tespitinde aşağıda yazılı giderler hasılattan indirilir:

1. Mesleki kazancın elde edilmesi ve idame ettirilmesi için ödenen genel giderler (İkametgahlarının bir kısmını iş yeri olarak kullananlar, ikametgah için ödedikleri kiranın tamamı ile ısıtma ve aydınlatma gibi diğer giderlerin yarısını indirebilirler. İş yeri kendi mülkü olanlar kira yerine amortismanı, ikametgahı kendi mülkü olup bunun bir kısmını iş yeri olarak kullananlar amortismanın yarısını gider yazabilirler.).

2. Hizmetli ve işçilerin iş yerinde veya iş yerinin müştemilatındaki iaşe ve ibate giderleri, tedavi ve ilaç giderleri, sigorta primleri ve emekli aidatı (bu primlerin ve aidatın geri alınmamak üzere Türkiye'de kain sigorta şirketlerine veya emekli ve yardım sandıklarına ödenmiş olması ve emekli ve yardım sandıklarının tüzel kişiliği haiz bulunmaları şartıyla) ile 27 nci maddede yazılı giyim giderleri.

3. Mesleki faaliyetle ilgili seyahat ve ikamet giderleri (seyahat maksadının gerektirdiği süre ile sınırlı olmak şartıyla).

4. Mesleki faaliyette kullanılan tesisat, demirbaş eşya ve envantere dahil taşıtlar için Vergi Usul Kanunu hükümlerine göre ayrılan amortismanlar (amortismana tabi iktisadi kıymetlerin elden çıkarılması halinde aynı Kanunun 328 inci maddesine göre hesaplanacak zararlar dahil).

5. Kiralanan veya envantere dahil olan ve işte kullanılan taşıtların giderleri.

6. Alınan mesleki yayınlar için ödenen bedeller.

7. Mesleki faaliyetin ifası için ödenen mal ve hizmet alım bedelleri.

8. Serbest meslek faaliyetleri dolayısıyla emekli sandıklarına ödenen giriş ve emeklilik aidatları ile mesleki teşekküllere ödenen aidatlar.

9. Mesleki kazancın elde edilmesi ve idame ettirilmesi için ödenen meslek, ilan ve reklam vergileri ile iş yerleriyle ilgili ayni vergi, resim ve harçlar.

10. Mesleki faaliyetle ilgili olarak kanun, ilam ve mukavelenameye göre ödenen tazminatlar.

Her türlü para cezaları ve vergi cezaları ile serbest meslek erbabının suçlarından doğan tazminatlar gider olarak indirilemez.