Güneydoğu’daki operasyonları bildiri ile eleştiren 1128 akademisyen için savcılar ve üniversite yönetimleri soruşturma açmıştı.

İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı Terör ve Örgütlü Suçlar Bürosu'nca, bildiride imzası bulunan akademisyenlerden kendi yargı alanında bulunan üniversitelerde görev yapan ve bu bildiriye imza atan akademisyenler hakkında, TCK'nın 301. maddesinde hükme bağlanan, 'Türk milletini, Türkiye Cumhuriyeti Devleti'ni ve devletin kurum ve organlarını aşağılamak' suçu ile TCK'nın 7. maddesinde belirtilen 'terör örgütü propagandası yapmak' suçlarından re'sen soruşturma başlatmıştı.

Savcılık soruşturması devam ederken, Dokuz Eylül Üniversitesi Rektörlüğü'nün, Barış İçin Akademisyenler inisiyatifinin 'Bu suça ortak olmayacağız' başlıklı bildirisine imza attıkları gerekçesiyle 12 akademisyen hakkında yürüttüğü idari soruşturma ise sonuçlandı. Soruşturma sonucunda aralarında Halkların Köprüsü Derneği Başkanı Prof. Dr. Cem Terzi'nin de bulunduğu 12 akademisyen açığa alındı.