İddianamede yer alan bilgelere göre Koç Müzesi'ne ait denizaltında bulunan mühimmatla ilgili deliller yok edilmiş ve soruşturma açılmamış. Konu tam kapandığı sırada Ergenekon Savcısı Zekeriya Öz'ün devreye girmesi ile dosyanın seyrinin değiştiği görülüyor. İddianamede konuyla ilgili şu ifadeler dikkat çekici: "Ele geçen patlayıcı maddelerin Deniz Kuvvetleri Komutanlığı'nın bilgisi doğrultusunda imha edildiği, ancak olay nedeniyle herhangi bir soruşturma açılmadığı tespit edilmiş, cumhuriyet başsavcılığımızca yürütülen soruşturma kapsamında bu olayın da soruşturulduğunun bildirilmesi üzerine, Kuzey Deniz Saha Komutanlığı'nın 31.3.2009 tarihli talimatı ile Kuzey Deniz Saha Komutanlığı Askerî Savcılığı tarafından bu olay soruşturma konusu yapılmıştır."

İstanbul 12. Ağır Ceza Mahkemesi'nin kabul ettiği Poyrazköy iddianamesinde Rahmi Koç Müzesi'nde sergilenen denizaltıda patlayıcı madde bulunmasıyla ilgili detaylar da ortaya çıktı. 16 Kasım 2008'de, denizaltının rehberi ve müze görevlisi emekli astsubay H.O.İ., santral dairesinde derinlik ölçme cihazının üzerinde, bir naylon torbada TNT kalıpları, 1,5 metre fitil ve beş-altı tane fünye buldu. Durumu Müze Müdürü E.D.'ye bildirdi. E.D. bombalarla ilgili Kuzey Deniz Saha Komutanlığı'nı haberdar etti. Aynı gün bir binbaşı ve iki astsubay, denizaltıya giderek patlayıcıların fotoğraflarını çekti. Daha sonra bağlı bulundukları komutanlıkla görüşen askerler, patlayıcı maddeleri tutanak karşılığında alarak denizaltıdan ayrıldı. İddianamede, denizaltıda ele geçirilen patlayıcı maddelerin, Deniz Kuvvetleri Komutanlığı'nın bilgisi dahilinde imha edildiği ancak olayla ilgili herhangi bir soruşturma açılmadığı belirtildi. İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı, konuyla ilgili yürüttüğü soruşturmada bu olayla ilgili de çalışma yaptığını bildirince, Kuzey Deniz Saha Komutanlığı'nın 31 Mart 2009 tarihli talimatıyla Kuzey Deniz Saha Komutanlığı Askerî Savcılığı tarafından soruşturma başlatıldı. ZAMAN - HASAN ÇİLİNGİR İZMİR