Ancak cinayetle ilgili ayrı bir soruşturma daha yürütülüyor. İhmali bulunduğu ileri sürülen 30 kamu görevlisi bu kapsamda soruşturuluyor. Alınan bilgilere göre, özel yetkili savcı Muammer Akkaş, soruşturma çerçevesinde Rahip Santoro ve Zirve Yayınevi Cinayetleri dosyalarını istedi. Benzer bir girişim, Dink davasını karara bağlayan 14. Ağır Ceza Mahkemesi'nin duruşma savcısı Hikmet Usta'dan gelmişti. Usta, söz konusu iki davanın dosyalarını talep etmişti. 
Hrant Dink'in öldürülmesine ilişkin 14. Ağır Ceza Mahkemesi'nde sonuçlanan dava dışında özel yetkili savcı Muammer Akkaş tarafından yürütülen bir soruşturma daha bulunuyor. Bu soruşturma kapsamında cinayete ilişkin ihmali olan 30 kamu görevlisi hakkında soruşturma yürütülüyor. Akkaş'ın, Rahip Santora ve Zirve Yayınevi dosyalarını da ilgili mahkemelerden talep ettiği öğrenildi. Savcının, dosyaları inceleyerek Dink cinayetinin ardındaki örgüt bağlantısına yönelik delil aradığı aktarıldı. Dink soruşturmasının genişletilerek, Kafes Eylem Planı'nda 'operasyon' olarak nitelendirilen cinayetler arasındaki bağlantıları araştıracağı da edinilen bilgiler arasında. Kafes Eylem Planı'nda Hrant Dink, Rahip Santoro ve Malatya Zirve Yayınevi cinayetleri 'operasyon' olarak tanımlanıyordu. 
İstanbul 14. Ağır Ceza Mahkemesi geçtiğimiz günlerde Dink davasını karara bağlamıştı. Mahkeme kararında bütün sanıkların 'örgüt suçundan' beraatine hükmetmişti. Duruşma savcısı Hikmet Usta ise karara itiraz etmiş ve cinayette örgütün de delilin de bulunduğunu söylemişti. Usta ayrıca, Yargıtay'a göndereceği karara itiraz dilekçesinde örgüt bağlantılarını anlatmak için Rahip Santoro ve Zirve Yayınevi katliamına ilişkin dosyaları istemişti.(Zaman)