Suç vasfının değiştiğini belirten Yargıtay 9. Ceza Dairesi, Kaplan'ın "anayasal düzeni silah zoruyla değiştirmeye teşebbüs etmek" yerine "silahlı örgüt kurmak ve yönetmek"ten yargılanması gerektiğine hükmetti. Bu kararla Kaplan, ağırlaştırılmış müebbet yerine 10-15 yıl hapis cezasıyla yargılanacak.

20 Haziran 2005 tarihinde İstanbul 14. Ağır Ceza Mahkemesi, "Türkiye Cumhuriyeti'nin Anayasası'nın öngördüğü laik cumhuriyet düzeni yerine şeriat esasına dayalı bir düzen getirmek amacıyla silahlı eylemlere teşebbüs eden AFİD/İCCB adlı yasa dışı silahlı terör örgütünün lideri ve yöneticisi olduğu hususunda kesin kanaate" vardığı Kaplan'a, 765 sayılı eski Türk Ceza Kanunu'nun (TCK) 146/1. maddesi uyarınca, "anayasal düzeni silah zoruyla değiştirmeye teşebbüs" suçundan ağırlaştırılmış müebbet hapis cezası vermişti.

Kararın temyiz edilmesi üzerine dosyayı duruşmalı inceleyen Yargıtay 9. Ceza Dairesi, Kaplan hakkında verilen kararı bozdu. "Anayasayı ihlal suçunun işlenebilmesi için fail tarafından cebir ve şiddet kullanılması gerektiğine" işaret eden Yargıtay 9. Ceza Dairesi kararında, "Türkiye Cumhuriyeti Anayasası'nın öngördüğü düzeni ortadan kaldırmak veya bu düzen yerine başka bir düzen getirmek amacıyla silahlı örgüt kurulmasının yeterli olmadığına, örgütün kuruluş amacını gerçekleştirmek için ülke genelinde tehlike yaratabilecek nitelikte cebir ve şiddet içeren ve ağır suç teşkil eden icra hareketlerine girişmiş olması da gerektiğini" belirtti.

AA