Hakimler ve Savcılar Yüksek Kurulu'nun (HSYK) Temmuz 2007'deki krizle anılan yaz kararnamesiyle Beşiktaş'taki İstanbul Adliyesi'ne atanan Seçkin, daha bir yıl dolmadan emekliliğini istedi. Balyoz soruşturması kapsamında operasyonların başladığı 5 Nisan'da 5 günlük rapor alan 64 yaşındaki Seçkin'in emeklilik talebi kabul edildi. Seçkin, mesai arkadaşlarına veda etti.
Olcay Seçkin, 27 Temmuz 2009'daki Ergenekon hâkim ve savcılarının görevden alınmak istendiğinin gündeme geldiği adli yargı atamaları ile Beşiktaş'taki İstanbul Adliyesi'ne atandı. İstanbul Özel Yetkili Başsavcı Vekili Turan Çolakkadı'nın yanına eşit yetkilerle başsavcı vekili olarak görevlendirilen Seçkin, saat 13.30 sularında hâkim ve savcılarla bir araya geldi. Adliyede görevli tüm hâkim ve savcılar, protokol kapısında Seçkin için bir uğurlama töreni yaptı. Seçkin, savcı ve memurlar ile adliyenin önünde hatıra fotoğrafı da çektirdi. Emeklik kararını özellikle sağlık nedenleriyle aldığını belirten Seçkin, "Burada görev yapmaktan dolayı çok mutlu oldum. Kısa bir süre de olsa sizleri tanıdığım için memnun oldum." dedi. Odasını ve yetkilerini paylaşan İstanbul Özel Yetkili Başsavcı Vekili Turan Çolakkadı da Seçkin'i arabasına kadar uğurladı. Zaman
