Anayasa Mahkemesi, Anayasa'ya aykırı şekilde esas denetimiyle iptal kararı verirken, yalnızca yargı organlarının 'çoğulculuk esasına göre değil, çoğunluk esasına göre' seçim yapmasına karar verdi. Seçim yöntemine ilişkin kısmi iptal kararı verilirken, getirilen her üyenin ancak bir oy verebileceği sisteminin, seçme ve seçilme hakkına engel teşkil edeceği görüşüne varıldığı belirtildi. Düzenlemenin demokratik hukuk devleti ilkesine aykırı olduğu sonucuna varıldı.
Ancak kısmi iptal, paketin reform özelliğini zedelemedi. Kısmi iptal kararı, 1982 Anayasası'nın demokratik meşruiyetten uzak yargı yapısına çekidüzen veren anayasa değişikliği paketine, Anayasa Mahkemesi'nin de vize vermesi anlamına geliyor. Anayasa Mahkemesi ile Hakimler ve Savcılar Yüksek Kurulu'nun (HSYK) oluşumu, askeri yargı ve bireysel başvuru hakkı gibi konular yargıda reform niteliği taşıyor. HSYK'da 11 bin hakim ve savcı temsil imkanı bulacak. Hakim ve savcıların denetimi yeni oluşturulan Kurul tarafından yapılacak. Meclis'in seçeceği üyelerle Anayasa Mahkemesi'ne demokratik meşruiyet yansıyacak.
Hukukçular, anayasa değişikliğinin şekil adı altında esasına girerek verilen kısmen iptal kararını eleştirdi. Anayasa Mahkemesi'nin Anayasa'nın 148. maddesindeki şekil denetimi şartlarına aykırı bir karar verdiğini belirten hukukçular, yetki aşımı olduğu konusunda birleştiler. Bununla birlikte iptal edilen maddelerin paket açısından hayati önem taşımadığı ve halkoyuyla kabul edilmesi halinde değişikliklerin reform niteliğinde olduğunu belirttiler. Prof. Dr. Yavuz Atar, Anayasa Mahkemesi'nin yetkisini aşarak karar aldığını, ancak iptal edilen maddelerin anayasa paketi açısından hayati olmadığını vurguluyor. Atar, "Yargı reformu açısından reformun özü korunmuş oldu. İptal edilen ibareler hayati önem taşımıyor. Reformun amacını ortadan kaldırmıyor." ifadelerini kullanıyor.
Mahkemeden vize alan pakete göre Anayasa Mahkemesi'nin üye sayısı 11'den 17'ye çıkıyor. 3 üyeyi TBMM, Sayıştay üyeleri ve baroların göstereceği avukatlar arasından seçecek. Cumhurbaşkanı 4 üyeyi YÖK'ün göstereceği öğretim üyeleri arasından, 4 üyeyi de üst kademe yöneticileri, avukatlar, birinci sınıf hâkim ve savcılar ile Anayasa Mahkemesi raportörleri arasından belirleyecek. Kapatma ve anayasa değişikliğinde iptale karar verebilmek için 17 üyeden 12'sinin oyu gerekecek.
İptal edilen düzenlemeye rağmen, Cumhurbaşkanı HSYK'ya 4 üyeyi hukukçu öğretim üyeleri ile avukatlar arasından atayacak. Pakete göre, HSYK'nın üye sayısı 7'den 22'ye çıkarılıyor.
Anayasa paketinin referandumla kabul edilmesinin ardından Anayasa Mahkemesi'nin yedek üyeleri Fettah Oto, Recep Kömürcü, Alparslan Altan, Burhan Üstün de asil üye haline gelecek. Bu üyeler yaş haddinden emekli olacakları tarihe kadar görev yapacak. Yedek üye Oto, gelecek yıl aralık ayında emekli olacak. TBMM, bir ay içinde Sayıştay ve baroların göstereceği adaylar arasından birer ismi Anayasa Mahkemesi'ne seçecek. HSYK'da da bir ay içinde seçimler yapılacak.
